公司申请登记程序是指公司向登记机关申请登记的程序。根据《公司登记管理条例》规定，公司申请登记分为设立登记、变更登记和注销登记三种，登记程序也相应地分为三种：
　　1、申请设立登记程序
　　设立公司应当申请名称预先核准。
　　(1)有限责任公司设立登记。设立有限责任公司，应当由全体股东指定的代表或者共同委托的代理人向公司登记机关申请设立登记。设立国有独资公司，应当由国家授权投资的机构或者国家授权的部门作为申请人，申请设立登记。法律、行政法规规定设立有限责任公司必须报经审批的，应当自批准之日起90日内向公司登记机关申请设立登记；逾期申请设立登记的，申请人应当报审批机关确认原批准文件的效力或者另行报批。
　　申请设立有限责任公司，应当向公司登记机关提交有关文件和证件。
　　(2)股份有限公司设立登记。设立股份有限公司，董事会应当于创立大会结束后30日风向公司登记机关申请设立登记。
　　申请设立股份有限公司，应当向公司登记机关提交有关文件和证件。
　　(3)分公司设立登记。公司设立分公司的，应当自决定作出之日起30日内向公司登记机关申请登记；法律、行政法规规定必须报经有关部门审批的，应当自批准之日起30日内向企业登记机关申请登记。分公司的经营范围不得超出公司的经营范围。设立分公司，应当向公司登记机关提交有关文件和证件：①公司法定代表人签署的设立分公司的登记申请书；②公司章程以及由公司登记机关加盖印章的《企业法人营业执照》复印件；③营业场所使用证明；④公司登记机关要求提交的其他文件。如经营范围中有法律、行政法规规定必须报经审批的项目，应提交国家有关部门的批准文件。
　　2、申请变更登记程序
　　公司变更登记是指公司改变名称、住所、法定代表人、经营范围、企业类型、注册资本、营业期限、有限责任公司股东或者股份有限公司发起人的登记。公司变更登记事项应当向原公司机关申请变更登记。未经核准变更登记，公司不得擅自变更登记事项，否则应当承担相应的法律责任。
　　3、申请注销登记程序
　　按照《公司登记管理条例》第三十六条的规定，公司注销登记的申请由公司的清算组织进行，公司清算组织应当自公司清算结束之日起30日内向原公司登记机关申请注销登记，并提交有关文件和证件。